a. Badan Investigasi Front disingkat BIF.
b. Badan Anti Teror disingkat BAT.
c. Badan Pengkaderan Front disingkat BPF.
d. Badan Ahli Front disingkat BAF.
e. Badan Amil Zakat disingkat BAZ
Organisasi FPI memiliki enam Lembaga Otonom, yaitu :
a. Lembaga Da’wah Front disingkat LDF.
b. Lembaga Informasi Front disingkat LIF.
c. Lembaga Ekonomi Front disingkat LEF.
d. Lembaga Bantuan Hukum Front disingkat BHF.
e. Lembaga Pemantau Ma’siat Front disingkat PMF.
f. Lembaga Kemanusiaan Front bernama Hilal Merah Indonesia dsingkat HILMI
Organisasi FPI memiliki empat Anak Organisasi yang Otonom dan Independen serta memiliki AD / ART, struktur organisasi, garis komando, program kerja dan pertanggung-jawaban sendiri, yaitu :
a. Laskar Pembela Islam disingkat LPI.
b. Mujahidah Pembela Islam disingkat MPI.
c. Front Mahasiswa Islam disingkat FMI.
d. Serikat Pekerja Front disingkat SPF
